Durante el segundo año de misión del Enterprise, NX-01 continuo tratando a la tripulación de la nave y a pacientes externos, lo cual le conllevó alguna que otra sorpresa poco agradable.
En 2152 , durante el segundo año del viaje de Enterprise , Archer y varios otros miembros de la tripulación fueron atacados por un organismo que los entrelazó en sus tentáculos. El Dr. Phlox analizó una parte del organismo y determinó que el zarcillo parecía ser capaz de sobrevivir independientemente, que poseía un sistema nervioso sofisticado y que era un ser sensible .
Phlox intentó liberarlos mediante el uso de radiación EM, pero el organismo estaba integrando los sistemas nerviosos de los miembros de la tripulación en su propio sistema y podrían terminar matando a la tripulación. Los miembros de la tripulación finalmente fueron liberados cuando Sato logró comunicarse con el organismo y fue devuelto a su planeta de origen.
Los denobulanos requieren pocas horas de sueño, pero a cambio, todos los años deben realizar un ciclo de hibernación que dura 6 días terrestres. La tripulante Cutler y T’Pol tienen que interrumpir la hibernación de Phlox en sus aposentos debido a una emergencia médica. Phlox tuvo que salvar la vida del alférez Travis Mayweather después de que el timonel resultara herido en un incidente de escalada. Como resultado de la interrupción de su ciclo de hibernación anual actuó de manera un tanto irracional.
Después de ser dañado por un campo minero romulano en abril de 2152, el Enterprise se detuvo en una estación de reparación automática . El alférez Mayweather aparentemente fue asesinado en la estación espacial y su cuerpo inanimado fue devuelto a la nave estelar. Sin embargo, Phlox determinó que el cuerpo era en realidad un duplicado del timonel debido al hecho de que varios microorganismos en su torrente sanguíneo, parte de una vacuna que Phlox había administrado recientemente a la tripulación, estaban todos muertos; Si Mayweather hubiera muerto en las circunstancias que aparentemente lo habían matado, los organismos deberían haber estado bien. En realidad, la estación estaba usando el cerebro de Mayweather como un procesador de computadora
Los cuidados médicos de Phlox no solo se limitan a los tripulantes humanos. PHlox salvó a Porthos , el perro de Archer , al realizar una operación bajo el agua y reemplazar la glándula pituitaria del animal con una de un camaleón calrissiano . El perro se había enfermado cuando acompañó a Archer en una visita al mundo natal de Kreetassan , donde Archer logró ofender a los kreetassans mientras negociaba un inyector de plasma muy necesario.
Durante una visita a una pequeña colonia minera , Archer negoció un acuerdo para obtener deuterio a cambio de suministros médicos y asistencia para reparar las bombas de extracción de la colonia . Phlox le dio los suministros médicos a E’Lis , un médico de la colonia. Le ofreció una anguila osmótica , que se utilizaba para cauterizar heridas. Ella bromeó diciendo que no sabría qué alimentarlo.
Mientras trabajaba en una nave camuflada Suliban , la radiación de partículas hizo que el brazo de Tucker se volviera invisible. Iban a utilizar la nave en el intento de rescate de Archer y Reed, que serían ejecutados en un planeta pre-curvatura. Phlox le informó a Tucker que eventualmente se materializaría por sí solo. Tucker le dijo a Phlox que no podía trabajar de esta manera. Phlox le dio un guante para que su mano.
Después de un encuentro con un agujero negro cuya radiación había afectado a la tripulación al causar un comportamiento obsesivo, Phlox quería realizar una cirugía mayor en Mayweather para curarlo de un simple dolor de cabeza. Phlox parecía ser más sensible al efecto que la tripulación humana. T’Pol irrumpió en la enfermería para salvar a Mayweather, pero Phlox la amenazó con un cuchillo quirúrgico, solo para ser neutralizada por T’Pol con un pinchazo de nervio Vulcano en el último minuto, salvando la vida de Mayweather. Los efectos se disiparon después de que la nave estelar pasara por el agujero negro.
Cuando la tripulación del Enterprise descubrió una nave del futuro con un humanoide muerto en él, Phlox descubrió que el cadáver tenía material genético perteneciente a varias otras especies, incluidos los Vulcanos . Creía que el individuo parecía ser el resultado de varias generaciones de reproducción entre especies. Phlox también visitó a Archer en una prisión Klingon para examinarlo. Fingió que Archer podría tener una enfermedad contagiosa para que el guardia los dejara en paz. Luego le informó a Archer que se había planeado un intento de rescate.
Phlox fue atacado por un alienígena usando el cuerpo de Sato mientras intentaba encontrar una cura para la posesión alienígena. Los alienígenas habían intentado entrar en su cuerpo, pero no podían sobrevivir en su cuerpo debido a su composición biológica. Phlox fue capaz de liberar dióxido de carbono en las cabinas del Enterprise , dejando inconscientes a los miembros de la tripulación afectados, y obligando a los alienígenas a abandonar los cuerpos de la tripulación ya que no podían sobrevivir. Ayudó a Tucker a determinar que el supervisor de los vissianos era un ser inteligente y tenía las mismas capacidades mentales que los vissianos. Al pasar por descontaminación con T’Pol para deshacerse de un virus, T’Pol se volvió muy amoroso hacia Phlox ya que el virus había activado su ciclo de apareamiento antes de lo previsto y estaba causando que se sometiera a un ataque . Phlox trató de encontrar un tratamiento, pero T’Pol golpeó a Phlox y escapó. Phlox encontró una cura para ella, antes de que el virus la matara. T’Pol estaba avergonzado, pero Phlox prometió no mencionar lo que le pasó a nadie.
Phlox sufre de su dolorosa cura
Poco después de estos eventos, el Enterprise fue enviado tras un grupo de seres cibernéticos que habían atacado recientemente a un equipo de investigación en el Ártico. (Aunque se desconocen, estos fueron algunos de los Borg que intentaron prevenir el Primer Contacto de la Tierra ). Durante este ataque, Phlox se infectó con las nanosondas Borg , pero su sistema inmunológicologró las mantuvo bajo control hasta que logró destruirlas al someterse a una dosis de radiación potencialmente letal. Durante este tiempo, estuvo brevemente vinculado a la mente colmena Borg. Describió esto como estar conectado con el resto de los alienígenas, como si fuera parte de una conciencia colectiva. Phlox también dijo que estaban tratando de enviar algún tipo de mensaje. El mensaje era coordenadas, diciéndole a su mundo natal cómo encontrar la Tierra.
Phlox se enteró de que T’Pol se había visto afectada por el síndrome de Pa’nar , un trastorno cerebral mortal, después de que se viera obligada a participar en una fusión mental contra su voluntad. Phlox asistió a una conferencia médica sobre Dekendi III con un grupo de médicos de Vulcan, pero sus esfuerzos por obtener información sobre la enfermedad fueron rechazados. Los Vulcanos vieron la condición, y aquellos que fueron afectados por ella, como marginados. Phlox no podía decirles que T’Pol tenía la enfermedad, ya que el Alto Mando Vulcano le exigiría que regresara a su mundo natal para recibir un castigo si se enteraban. T’Pol supo que uno de los médicos confesó que también realizaba fusiones mentales.
Durante este incidente, una de las esposas de Phlox, Feezal , lo visitó a bordo del Enterprise . quien intento iniciar una relación con el comandante Tucker. Aunque el ingeniero informó a Phlox de los gestos sexuales implícitos de Feezal, el médico le recomendó a Tucker que no ignorara las propuestas románticas.
Durante una misión de evacuación, Phlox intentó tratar a un Antarano llamado Hudak . Los antaranos y los denobulanos habían sido enemigos durante siglos y, por consiguiente, Hudak se negó a recibir tratamiento. Cuando Archer le ordenó a Phlox que tratara al Antaran, el médico denobulano respondió reconociendo su propia responsabilidad de respetar los deseos de sus pacientes y aún se negaba a tratar a Hudak. Después de varias discusiones con el paciente (que inicialmente eran muy difíciles), Phlox pudo convencerlo de que no era ni intolerante ni odiaba a los antaranos.. Hudak finalmente consintió posteriormente en ser tratado.
Miguel SJ