Los personajes de los holoprogramas dan todas las señales de estar vivos y ser sensibles, pero los los personajes de la Sala de Hologramas son sólo simulaciones. Una notable excepción es el Profesor James Moriarty, quien cree que puede existir fuera de la Sala de Hologramas del USS Enterprise.
El personaje holográfico del profesor James Moriarty fue creado en 2365, en una Sala de Hologramas del USS Enterprise, basándose en el infame villano creado por un escritor Sir Arthur Conan Doyle en la Tierra de los siglos XIX y XX, y está programado para servir como enemigo en una aventura de Sala de Hologramas en la cual el Teniente Comandante Data interpreta al famoso detective de Doyle, la némesis de Sherlock Holmes, mide 1, alto y tiene el cabello largo rubio con cana. Lleva un traje elegante, formal, típico de un hombre de la clase alta de la era Victoriana. Al principio, Moriarty no es diferente de cualquier otra simulación de la Sala de Hologramas, pero los eventos conspiran para transformarlo en algo inesperado.
El profesor holográfico Moriarty muestra más compasión que su predecesor literario, pero sigue siendo despiadado en la búsqueda de su libertad de la Sala de Hologramas.
Poco después del comienzo de la aventura de Data en el Sala de Hologramas, se hace evidente que su memoria androide no es rival para cualquier aventura Holmesiana que la computadora pueda crear. Con el fin de hacer la simulación más difícil para el androide, Geordi La Forge dirige la computadora de la empresa para crear un misterio con un oponente capaz de derrotar a Data.
Para cumplir este criterio, la computadora impregna al holo-Moriarty de una inteligencia tan grande que el personaje se vuelve autoconsciente y alcanza la consciencia, tal como lo hizo Data cuando fue activado por primera vez.

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Moriarty está inicialmente perplejo por sus nuevas habilidades. Cuando ve a La Forge llamando al arco, y accede a los controles del Sala de Hologramas, comienza a reconstruir el misterio de su creación. Él mismo llama el, y se asombra de la avanzada tecnología que aparece ante él. Moriarty obtiene acceso a la computadora principal del Enterprise, y rápidamente comienza a absorber la gran cantidad de información almacenada en ella.
Para obtener un mayor control de su entorno, Moriarty secuestra a la Dra. Katherine Pulaski, que también participa en la aventura Holmesiana de Data. Moriarty lleva a Pulaski a su laboratorio oculto en los muelles de Londres y e interroga a su prisionera para obtener más información sobre su naturaleza y circunstancias.
Un hombre en si mismo
A medida que Moriarty se vuelve más consciente de sí mismo, comienza a perder algunas de las cualidades malignas que formaban parte de su personaje ficticio. Trata a Pulaski con amabilidad, aunque sea su captor. Comienza a tener visiones de una nave gigante, y dibuja una imagen del Enterprise, demostrando una conciencia nunca antes vista en un personaje holográfico.
Utilizando el conocimiento adquirido de la computadora, Moriarty intenta tomar el control de la Enterprise accediendo a los códigos de seguridad de La Forge. Él construye una máquina que le permite reorientar la actitud y el control de estabilización, y procede a agitar la nave para llamar la atención del capitán Picard. Al mismo tiempo, Moriarty altera la programación en el Sala de Hologramas, para intentar acceder al mundo «real» exterior.
Picard va la Sala de Hologramas a ver a Moriarty en su laboratorio, y el holograma le cuenta al capitán de su deseo de salir de los confines del Sala de Hologramas. Utiliza el célebre aforismo del filósofo René Descartes, «Cogito Ergo Sum» [«pienso, luego existo»] para convencer a Picard de su recién descubierta sensibilidad.
El capitán explica a Moriarty que él es simplemente una creación de holomateria; si abandonara el Sala de Hologramas, su forma perdería cohesión. En cambio, le ofrece una alternativa: le dice a Moriarty que estará a salvo en la computadora del Enterprise, en la memoria protegida, hasta que la tecnología exista para permitirle salir de la Sala de Hologramas Moriarty está de acuerdo, y libera a la nave barco.
El programa se interrumpe y se guarda en la memoria protegida. Moriarty permanece almacenado de esa manera durante aproximadamente cuatro años.
Posteriormente se sabe que durante este período, experimenta breves destellos de conciencia, aunque el programa se supone que está inactivo. Moriarty describe estos períodos de conciencia como «aterradores, desencarnados, sin sustancia». El teniente Reginald Barclay más tarde atribuye esta extraña ocurrencia a una posible fragmentación de los circuitos de memoria.
Un motivo para vivir
En 2369, el profesor Moriarty es inadvertidamente reactivado cuando Barclay trata de arreglar un mal funcionamiento en Sala de Hologramas 3. Moriarty se enoja con la noticia de que ha pasado años en la memoria, mientras que no se ha avanzado en la transformación de holomateria en materia real. Citando su voluntad de vivir y su autoconciencia, Moriarty sorprende a Picard, Barclay y Data al salir del Sala de Hologramas y salir al mundo real de la Enterprise.
Las exploraciones médicas revelan que él es una forma de vida biológica real, con un patrón ligeramente-alterado del ADN. Moriarty expresa asombro por su entorno y por la noticia de que está en una nave espacial viajando por el espacio. Asegura al capitán Picard que ya no es el villano de la ficción, y que no tiene planes criminales.
Consorte
Durante el curso de esta discusión se descubre que el mayor amor de Moriarty es la condesa Regina Barthalomew, una mujer hermosa y sofisticada de la clase alta, y otro personaje de las novelas de Arthur Conan Doyle. Moriarty intenta persuadir a Picard para sacar a la condesa del Sala de Hologramas; cuando el capitán se niega, Moriarty lo engaña haciéndose con los códigos de mando, y asume el control del Enterprise
Finalmente se descubre que Moriarty realmente nunca dejó la Sala de Hologramas. En su lugar, está utilizando su conocimiento de la computadora del Enterprise para crear una simulación elaborada que parece ser la verdadera nave, o «un barco en una botella», como él lo llama. De esta manera, Moriarty espera engañar a Picard, Barclay y Data para encontrar una forma en la que él y la condesa puedan existir fuera de la Sala de Hologramas de la nave.
Moriarty es, en cambio, es engañado por el mismo truco. Picard y su tripulación usan la Sala de Hologramas del falso Enterprise para crear aún otra simulación más, engañando a Moriarty y a la condesa para que crean que han dejado la Sala de Hologramas. La pareja sube a bordo de una lanzadera y parten para explorar la Galaxia; una vez que cree que ha dejado el Enterprise, Moriarty libera a la nave de su control, El profesor Moriarty sigue sin saber que él todavía existe, junto con la condesa Barthalomew, solamente en una galaxia creada holográficamente, una Sala de Hologramas miniatura dentro de un módulo de la computadora. Este módulo se coloca dentro de una unidad de mejora – actualmente en el mantenimiento del teniente Barclay – que contiene suficiente memoria activa para proporcionar a la pareja experiencias vitales.
La condesa y Moriarty vivirán sus vidas, sin saber que es una simulación; para ellos, sus experiencias serán reales. El villano más famoso de Conan Doyle ha logrado, a todos los efectos, la libertad que desea.
El Moriarty de Conan Doyle
Arthur Conan Doyle creó el personaje del Profesor James Moriarty como el enemigo definitivo de Sherlock Holmes. Moriarty apareció por primera vez el relato ‘La aventura del problema final’, publicado en 1893 en la revista ‘Stand’ en la Tierra. Conan Doyle describe a Moriarty como un genio y un filósofo que posee un «cerebro de primer orden». La versión holográfica de Moriarty, del siglo XXIV, coincide con el perfil psicológico de Conan Doyle, pero es físicamente muy diferente del personaje descrito por el autor. El profesor Moriarty volvió una y otra vez a acosar a su enemigo, y se convirtió en uno de los villanos más perdurables y populares de la ficción criminal.