El Enterprise encuentra una nave abandonada flotando en el espacio, un carguero de clase DY-100 modificado como una nave de hibernación para transportar pasajeros congelados criogénicamente. Las marcas en su casco la identifican como el SS Bahía Botánica, aunque no existen registros históricos de tal nave aunque parece que su origen se remonta a la década de los años 90 de la Tierra, después de la una era conocida por las Guerras Eugénicas.
Buscando signos de vida, el Dr. McCoy confirma que aún existe vida a bordo, pero no está seguro si es vida humana. Se envía un equipo de salida compuesto por el capitán Kirk, el Dr. McCoy, el sr. Scott y la historiadora teniente Marla McGivers, es transportado al carguero. Kirk ha seleccionado a McGivers ya que su especialidad es la historia y cultura de finales del siglo XX.
Como se esperaba, la tripulación esta compuesta por ochenta y cuatro humanos en animación suspendida, de los cuales setenta y dos aún están con vida. A pesar de tener casi 300 años, no han envejecido. McGivers encuentra en la cámara de hibernación del que ella cree que es el líder del grupo. Repentinamente el mecanismo de la cápsula se enciende y el ocupante masculino al interior parece revivivir. McCoy se da cuenta que el sistema de soporte vital está fallando y el ocupante puede morir. Kirk rompe la puerta de cristal y saca al hombre para revivirlo. El hombre es llevado al Enterprise para un examen médico.
Con el Bahia Botancia siendo remolcado por el Enterprise Kirk ordena poner rumbo a la Base Estelar 12, en el sistema estelar Gamma 400. Mientras tanto en la enfermería, la teniente McGivers admira al hombre por ser la prueba viviente del tipo de hombre que ha etudiado todas su vida. McCoy cree que se recobrará pronto, y que debería estar lo suficientemente sano para responder preguntas. McGivers deja la enfermería, repentinamente McCoy se encuentra con un afilado escalpelo puesto en su garganta por el paciente. El hombre está consciente y exige saber dónde se encuentra. McCoy le responde sugiriendo que si él lo va a matar, lo mejor sería cortar la arteria carótida lo que sería más rápido y limpio. Impresionado por el valor de McCoy, el hombre suelta el escalpelo y se presenta a sí mismo como “Khan”.
El Sr. Spock descubre que el hombre es Khan Noonien Singh quien, junto con su gente, eran producto de las Guerra Eugénicas, donde superhombres criados genéticamente como soldados perfectos, se convirtieron en señores de la guerra y dominaron más de un tercio de la Tierra llegando a tomar el poder simultáneamente el poder en en más de cuarenta países. Para el final de las Guerras Eugénicas el destino de entre ochenta y noventa de ellos nunca se supo. Khan era reconocido como el más peligroso de estos guerreros, quien había puesto bajo su dominio la mayor parte del mundo.
Mientras tanto, es alojado en una amplia cabina donde le visita. La teniente McGivers es enviada a conversar con él y actualizarlo acerca de la historia actual. Está claro que McGivers se está enamorando del apuesto y poderoso hombre y el se aprovecha de su manifiesta bondad y le cuenta que planea gobernar una vez más a la humanidad, y que necesita su ayuda para apoderarse del Enterprise. Al principio McGivers rehúsa pero después logra convencerla y a regañadientes, le informa a Khan que hará lo que él le pida.
Bahia Botánica, donde él revive al resto de los supervivientes de su tripulación. De vuelta al Enterprise, toman el control y Khan, quien se ha familiarizado con el funcionamiento de la nave cuando estaba en la enfermería, corta el soporte vital del puente haciendo que la tripulación allí pierda la consciencia. Más tarde Khan arroja a Kirk a una cámara de descompresión y amenaza con asfixiarlo lentamente a menos que la tripulación de mando de Kirk se rinda y siga a Khan. Sintiéndose culpable por traicionar a sus compañeros, la teniente McGivers libera a Kirk de la cámara. A continuación Kirk ayuda a Spock a escapar de sus guardias, y los dos liberan gas anestésico por toda la nave para incapacitar a Khan y a sus seguidores.
Khan logra escapar del gas y se dirige a ingeniería donde intenta destruir al Enterprise, pero Kirk lo alcanza y se inicia un combate. Kirk es superado por la fuerza física de Khan pero logra tomar hacerse con una herramienta de una consola, y usándola como un mazo, logra aturdir a Khan.
Cuando Khan y sus secuestradores son rodeados, Kirk convoca una audiencia para decidir su destino., el resultado es que Khan y sus seguidores deberían ser exiliados y escoge Ceti Alpha V, un planeta de clase M que Kirk cree que sería un lugar perfecto para que Khan inicie su reinado nuevamente. La vida en Ceti Alpha V no será fácil, pero Khan, entusiasmado con la idea, diciendo que es capaz de afrontar el desafío y acepta la oferta de Kirk. En lugar de un largo consejo de guerra para la teniente McGivers, Kirk le permite ir al exilio con Khan.
Spock hace una declaración al final, diciendo
Mi8guel SJ
