En Star Trek (2009), Nero y Spock viajan en el tiempo a partir del año 2387. Cuando Nero llega al año 2233, interrumpe la continuidad del tiempo, creando una realidad alternativa desde el punto de su llegada. La narración entonces se desarrolla en esta realidad alternativa.
Star Trek Online se basa en la línea del tiempo original (la de las cinco series de televisión y las 10 primeras películas). Es el mundo en el que los Gorn atacaron Cestus III, Kirk luchó con Khan en la nebulosa Mutara, Picard exploró la galaxia, la Federación luchó la Guerra del Dominio, el Voyager fue enviado al Cuadrante Delta y el capitán Archer y la tripulación del NX-01 nos mostró los inicios de la conquista del espacio.
Eventos de la película que sucedieron en la primera línea de tiempo como la destrucción de Romulus, y la desaparición de Spock y Nero han afectado a la continuidad Star Trek Online.
Para que tengais una idea mas clara de como discurre esta linea del tiempo, diferente a la presentada en las novelas de Pocket Books aqui teneis una modesta recopilación en PDF de la cronologia, originalmente aparecida en varios numeros de Star Trek Magazine.